בקשת ירושלים פועלים שני גנים, שתי גננות – דתית וחילונית. הגנים פועלים בתוך בית הספר ונחשבים לחלק ממנו. הודות לכך זוכים ילדי הגן להשתתף בפעילויות של החטיבה הצעירה ותלמידי כיתה ה' מלווים את ילדי הגן כ"חברים בוגרים" במסגרת הפעילות החברתית שלהם. בדרך כלל ממשיכים ילדי הגן ללמוד בבית הספר, ומקרים של נרשמים רבים הם מקבלים עדיפות ראשונה. גן קשת בירושלים הוא הגן הוותיק ביותר במסגרות קשת, ומהווה מודל פעולה לגני קשת הצעירים.